Nato a Baena, Cordoba, il 4 gennaio 1895.
Era figlio di Felipe Lucena Sevillano, di professione nel campo, e Rafaela Rivas Rojano. È stato battezzato due giorni dopo la nascita nella parrocchia di Santa Maria la Maggiore di Baena. La sua famiglia è stata costretta a trasferirsi frequentemente di residenza a causa del lavoro genitoriale, vivendo a Baena, Rute e Aguilar de la Frontera. Qui chiede di entrare nel Seminario di San Pelagio nel 1907, perché "sente desiderio di dedicarsi al servizio di Dio nostro Signore nello stato sacerdotale". Il suo parroco dice che "è giovane di buona vita e costumi, saggio e modesto nel suo costume, e manifesta inclinazioni allo stato ecclesiastico".
Entra come esterno, vivendo a casa dello zio sacerdote don Julián Rivas Rojano (anche martire). Fu confermato il 16 dicembre 1908 nella Parrocchia di San Francisco e Sant'Eulogio di Cordoba da Mons. Pozuelo e Herrero. Sfrutta i tuoi studi ecclesiastici con ottimi voti, per il tuo impegno e responsabilità personale. Trasferito suo zio a Cabeza del Bue, diventa un tirocinante.
Alla fine del 1916 viene inviato a studiare a Roma, iscrivendosi alla Pontificia Università Gregoriana, primo di Teologia, e risiede nel Pontificio Collegio spagnolo "San José". Ottiene buoni risultati accademici e riceve il subdiaconato nella Cappella del Collegio, il 10 marzo 1918, dalle mani del Cardinale Merry del Val, ma una malattia inaspettata lo costringe a tornare a Cordoba in primavera.
È stato ordinato sacerdote il 14 giugno 1919. Nel corso 1919-1920 viene nominato docente supplente presso la Cattedra del Seminario del primo anno di Latino e, poco dopo, insegna lezioni come numero di latino, catechismo, urbanidad, geografia e storia di Spagna e Universal. È anche cappellano e collaboratore delle Scuole Didattiche dell'Ave Maria della Parrocchia di San Francisco e San Eulogio de Cordoba.
Passa poi alla Parrocchia di Santa Marina de Aguas Santas de Cordova, come coadiutore, dal dicembre 1921 al gennaio 1923, e poi sarà nominato coadiutore della Parrocchia del Sagrario della Santa Chiesa Cattedrale di Cordova fino a ottobre di quell'anno.
Il 16 ottobre 1923 prende possesso come prete reggente della parrocchia di Ntra. Signora de la Purificazione di Puente Genil, e il 3 giugno 1928, dopo l'esame del concorso particolare, ne prende possesso. La sua vita pastorale è intensa: Messa quotidiana, confessionale, attenzione e gestione dell'archivio parrocchiale, direzione delle associazioni, e riorganizza profondamente la catechesi parrocchiale. Nel 1930 scrive un rapporto al vescovo in cui sottolinea che dei 2.000 bambini che devono frequentare la catechesi lo fanno circa 1.200, segnalando che ci sono stati dei progressi rispetto all'ultima relazione. Ha curato e ampliato il patrimonio artistico delle undici chiese che erano sotto la sua giurisdizione.
Di fronte alla rivolta dell'esercito africano, il controllo del popolo di Puente Genil è in linea di principio nelle mani dei gruppi di destra. Questa situazione è cambiata il 22 quando un forte contingente di comunisti arrivò in treno da Malaga. Il 23 si verificò la morte del primo ecclesiastico, don José Ruiz Montero, fucilato nella Cuesta de Malaga, e il giorno dopo il francescano Beato José Roig Llorca (entrambi martiri).
Don Juan, secondo le testimonianze di padre Aracil e di don Lorenzo Carmona, è stato arrestato il 24 luglio e portato alla stazione ferroviaria, dove diversi vagoni servivano da carcere ai detenuti. Insieme ad altri 19 detenuti, il blocco è stato orribile, senza farli uscire e quasi senz'acqua, oltre a minacce e insulti.
Il 27 è stato tirato fuori dal vagone dove si trovava. Uscendo è stato ferito da una baionetta in faccia e gli hanno legato le mani dietro la schiena. In questo atteggiamento e sanguinante dal viso, cadde svenduto a terra, e vedendolo i suoi rapitori lo hanno preso a calci diversi, costringendolo con violenza ad alzarsi. Con grandi sforzi ci è riuscito e lo hanno fatto salire su un camion, nel quale è stato portato al Cimitero di Ponte Genil. Uno dei miliziani gli strappò una medaglia che portava al collo, e poi don Giovanni gridò due volte: "Viva Cristo Re". Sette marxisti hanno sparato con le loro armi e l'hanno lasciato cadavere con i loro compagni. I suoi resti sono stati gettati in un falo'.
Fu arrestato e martirizzato per la sua qualità di sacerdote cattolico, e per nessun altro motivo.
La beatificazione si è svolta a Cordova, nella cattedrale di Nostra Signora dell’Assunzione, il 16 ottobre 2021, sotto il pontificato di papa Francesco.
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